En la gastronomía de algunos países es muy frecuente verlo cocido, en este momento las valvas se abren debido al calor y se puede ver el contenido del mejillón. Cuando se sirve se suele acompañar de diferentes salsas que pueden ir desde una vinagreta hasta acompañados con mahonesa, es muy popular en la cocina española del norte, por ejemplo en Galicia donde se suele tomar con un vino ribeiro o un albariño. Son muy celebrados en las cocinas de los Paises Bajos, en la cocina chilena, y en general en todos aquellos países con acceso a un litoral.

Algunos platos famosos con mejillones son: espaguetis con mejillones, mejillones a la marinera, mejillones cabreaos, etc. Es un molusco tan comido por todo el mundo y con tanta afición que existen zonas especializadas en el cultivo del mejillón.

Los mejillones cocinados pueden ser naranjas o amarillo pálido

Arqueológicamente, hay muchas pruebas de que los humanos han utilizado los mejillones como fuente de alimento durante miles de años.

Hoy en día los mejillones marinos son todavía un marisco popular, especialmente en Bélgica y Holanda, donde se consumen con patatas fritas (“mosselen met friet” or “moules frites”).

En Italia son un plato típico, normalmente mezclado con otros mariscos, o con pasta.

En Turquía se suelen cubrir con harina y se fríen (“midye tava”) o rellenos con arroz y servidos fríos(“midye dolma”). Los mejillones se consumen normalmente con alcohol (mayormente cerveza o raki).

En Francia “Éclade des Moules” es un mejillón asado típico de la Bahía de Vizcaya.

En la cocina cantonesa, los mejillones se cocinan en un caldo de ajo fermentado con habas negras.

En Nueva Zelanda se sirven normalmente con una vinagreta a base de chili.

Durante la II Guerra Mundial en EE.UU., los mejillones eran servidos normalmente en las cenas, esto fue debido a falta de carne roja por el racionamiento de alimentos durante la guerra.

En Irlanda, entre la comunidad irlandesa del oeste de Escocia es una comida típica: hervidos y sazonados con vinagre con el “bray” o el agua hervida como bebida caliente.

Los mejillones pueden ser ahumados, hervidos, cocidos al vapor o fritos en mantequilla. Como todo marisco, los mejillones deberían estar vivos justo antes de ser cocinados porque se hacen tóxicos rápidamente después de morirse. Un criterio simple es que aquellos mejillones vivos, se cerrarán fuerte cuando sean molestados; los mejillones abiertos están muertos y deberían ser desechados. También las conchas de mejillón cerradas que son excepcionalmente pesadas deberían ser desechadas, porque por lo general contienen sólo fango. Las conchas de mejillón se abren por sí mismas cuando se cocinan los mejillones.

Aunque los mejillones sean valorados como un alimento, el envenenamiento debido a organismos tóxicos contenidos en el mejillón, puede ser un peligro potencial. Por ejemplo, los mejillones no deberían ser colectados a lo largo de la costa occidental de los Estados Unidos durante los meses más calientes. Este envenenamiento es por lo general debido a unas algas dinoflagelados (mareas rojas), que contienen toxinas. El dinoflagellates y su toxina no dañan los mejillones, incluso cuando están altamente concentrados, pero si los mejillones son consumidos por la gente, la enfermedad es grave. Las floraciones algales más comunes son las PSP (paralizante) y las DSP (diarreica).

Por lo general los gobiernos supervisan los niveles de toxinas a lo largo del año, la seguridad en el consumo de mejillones comprados en canales autorizados es absoluta, no existiendo ningún riesgo por consumo en ninguna época del año..

Los mejillones de agua dulce hoy día, se consideran desagradables para su uso culinario, aunque los pueblos natales en Norteamérica los utilizan.

El marisco herbívoro como mejillones y almejas puede ayudar a alcanzar un equilibrio sano de Omega 3 y Omega 6 en sus dietas.